Về công tác bảo vệ bí mật nhà nước, A03 có trách nhiệm tham mưu giúp Bộ:

- Thực hiện quản lý nhà nước về bảo vệ bí mật nhà nước;

- Tổng hợp ý kiến Công an các đơn vị, địa phương đề xuất sửa đổi, bổ sung danh mục bí mật nhà nước trong lĩnh vực an ninh quốc gia, trật tự, an toàn xã hội;

- Sơ kết 6 tháng trong Công an nhân dân, sơ kết một năm và tổng kết năm năm một lần công tác bảo vệ bí mật nhà nước trong phạm vi toàn quốc;

- Chủ trì, phối hợp với A05, A06 và các đơn vị khác có liên quan tổ chức kiểm tra việc chấp hành các quy định của pháp luật về bảo vệ bí mật nhà nước đối với các cơ quan, tổ chức, địa phương và Công an các đơn vị, địa phương.